Как я понимаю, действия происходят в 2004, и там это можно оправдать чем угодно, что граалю нужно больше времени чтобы зарядиться не в Фуюки, что нужно было больше времени чтобы зарядиться на достаточную мощность, чтобы призвать 15 слуг итд.
Апокрифа в параллельной вселенной, поэтому пытаться подвязать Вейверов нет смысла. В вселенной Зеро, в аниме по Эль-Меллою есть свой Шишиго, но он тоже как бы никак не связан с Шишиго из Апокрифы.