С момента своего формирования девятый отдел успел нажить себе бесчисленное количество недоброжелателей, что в физическом мире, что в киберпространстве. Одни из таких — террористическая организация под названием «Пробуждённые». Они способны взламывать кибермозг других людей в целях совершения преступлений против правительства, не выдавая при этом своего лидера. В кой-то веке майору Кусанаги удаётся поймать одну из жертв взлома кибермозга, которую использовали «Пробуждённые». Майор подключается к кибермозгу жертвы, чтобы выяснить, что представляет из себя эта организация и кто является её главарем. Однако то, что ей удаётся выяснить, повергает весь девятый отдел в шок.