Его тело было уничтожено из-за переизбытка потраченной маг энергии руки.
Тело его исчезло, но душа осталась в контейнере, которая материализовала Иллия зайдя в Грааль и исполнив 3 магию, потом уже его в завалах нашла Райдер и отдала сёстрам.
1366x7681366x768
Как ты видишь на скрине выше(и ниже) они отправились к Токо Аодзаки. Известной кукольнице, что делают их не отличимыми от настоящих людей на заказ.
1366x768
На следующем скрине, если зайдёшь посмотреть третий фильм на тайм-коде 1:56:00 можешь заметить как Сакура кланяется Токо. Если хочешь узнать эту кукольницу поподробнее, то можешь посмотреть серию фильмов Граница пустоты 1: Вид с высоты. Там её характер и способности раскроют в полной мере.
1366x768
Вот где само будущее тело Эмии, которое сёстры у неё заказали.
1366x7681366x768
Иллия внутри себя держит Малый Грааль, благодаря, которому активируется Великий Грааль(та огромная глыба с глазом). Именно так началась война, когда Юстиция Лизрайх фон Айнцберн(сама Иллия её клон) принесла себя в жертву(1 скрин). То есть, как начали, так и закончили. Где её поглотил Грааль и война закончилась(2 скрин).
1366x7681366x768
После войны Сакура, хоть и разорвала связь с той тёмной сущностью, что держала её под контролём, но энергия от этой связи осталась в запасе. Поэтому она вполне сможет содержать её на длительный период времени.
Нет, не пропали. Их запечатали с помощью очков. Плюсом она может контролировать их силу.
304x985
Арчер это и есть Сиро, но из будущего(это показали в Fate/stay night: Unlimited Blade Works), поэтому его рука идеально подошла для его тела.
Почему не исчезла после смерти самого Арчера? Потому что её не только физически, но и духовно привязал Кирэй Котоминэ.
Ты сам по факту ответил на вопрос.
Хоть это рука его самого из будущего, но оно перестаёт быть рукой слуги. В то время как у Сиро тело человеческое и оно просто не выдерживает энергию исходящую от неё. Если всё максимально упростить.
Если Сиро не пользуется рукой, то она со временем(длительным) и тренировками приживётся к нему и он даже сможет ей пользоваться, если же он сразу как было в фильме начнёт её юзать, то помрёт.