@Derflinger, определенно не того Вы человека спросили. Что-то у меня детали новеллы совсем забылись, хотя два года назад читал. Ну ладно, я постараюсь ответить на что-то.

У Айнцбернов, как у создателей самой системы войны с Граалем, есть одна фишка - Платье небес. Та одежда, в которую одета Иллия в конце третьего фильма, когда идет к великому Граалю. Его фишка - материлизация души. Именно то, что происходит в концовке. Иллия материализует душу Широ, жертвуя собой и уничтожая Грааль с помощью платья небес. Материализованную душу Широ потом помещают в куклу, изготовленую Аоко Аозаки (персонаж ранобэ Kara no kyoukai) и таким способом Широ оказывается живым, но в новом материальном теле.
Райдер осталась жива по тому же приниципу, как осталась жива Сейбер в хорошей концовку UBW, или как остался жив Гильгамеш в концовке Zero. Если мастер может подпитывать слугу маной, то он может оставаться в мире сколько угодно времени.
С рукой хз вообще. Я не помню. В новелле, скорее всего, было объяснение этому, но я не помню. Мое предположение, рука прижилась потому, что Арчер - это Широ. Одна и та же личность, просто в разных временных отрезках. Я так думаю

А вообще, чтобы нормально понять всю эту шизофрению, надо определенно читать визуальную новеллу. А потом читать другие визуальные новеллы Насу, чтобы раскрыть детали мира. А потом читать кару но кекай, а потом фго, а потом в могилу только. Ибо все в Насушизе связанно и происходит в одной вселенной