Это верно. Более того, о ее существовании никто не знает. Ее словно никогда и не существовало. После желания Мадоки само мироустройство переписано. Хомура ее помнит лишь частично.

• Вспомни сериал. С первых серий волшебницы попадают в альтернативный мир, созданный ведьмами;
• Почему в мире после желания Мадоки нет ведьм? Потому-что Мадока перед превращением в ведьму приходит и очищает самоцвет души;
• Инкубатор, поняв, что есть некая сущность, не дающая девочкам стать ведьмой, берет Хомуру в заложники, и помещает в специальное поле, куда нельзя попасть из внешнего мира. Так Мадока не может защитить Хомуру от становления ведьмой. В итоге Хомура на грани становления ведьмой, как собственно и ведьмы ранее, создает иллюзорный мир, куда заманивает жертв.
• Хомура на подсознательном уровне заманивает в свою иллюзию Мами и Кёко, а также несколько человек из реального мира. Это напрямую в фильме показано, пересмотри еще раз диалог Хомуры и Кю-бея, когда Хомура выходит из иллюзии.
• Мадока, а вернее то что от нее осталось после желания, работает по типу алгоритма, и приходит очистить самоцвет души Хомуры. Но из-за поля Кю-бея сама оказывается в ловушке и теряет память о своих способностях. В итоге в иллюзии живет настоящая личность Мадоки.

Совершенно нет) Все она прекрасно смогла. Если бы не проделки Кю-бея, то Хомура также бы почернела самоцветом, а сущность Мадоки пришла бы и очистила ее самоцвет. Все было бы хорошо. Но Кю-бей создал условия, в которых Хомура оказалась на грани становления ведьмой, и как итог создала иллюзорный мир. Напомню: по сюжету сериала каждая ведьма имеет свой иллюзорный мир.

Я написал лишь примерно, и с некоторыми неточностями. Потом как-нить сделаю рецензию по фильму, где подробно все разберу, вплоть до диалогов и фраз из которых идут те или иные выводы.
Лучший вариант для зрителя, это спустя время просто внимательно пересмотреть 2-ой и 3-ий фильм, и разобраться самому)