Из разумных предположений, как может определяться порядок эпизодов любого аниме, он может быть взят или из порядка транслации по ТВ, и/или из порядка на диске (дисках). Порядок трансляции:
Unlike the original run the re-broadcast was shown in chronological order, with new episodes intermixed with the old ones. en.wikipedia.org/wiki/Haruhi_Suzumiya
никто не может запретить зрителю смотреть эпизоды тайтла в том порядке, который он желает, например вначале смотреть все четные эпизоды, а затем нечетные
en.wikipedia.org/wiki/Haruhi_Suzumiya
The Melancholy of Haruhi Suzumiya (English Subitltes) Blu-ray Complete BOX [Limited Edition]