@venganza, Пару слов про хронологию событий и переплетения сюжета с оригинальным произведением.
Момент знакомства Томы и Мисаки как раз в рейлгане и показали. В 1 серии индекса была уже не первая их встреча (об этом говорит то, что Тома пытался спасти шпану от Мисаки, а не наоборот). Ещё, стоит отметить, что по хронологии 1-ый сезон рейлгана является приквелом в 1-му сезону Индекса, т.к. сюжет начинает пересекаться только в конце сезона . И по этой же причине мы не видели сестёр и прочего, т.к. до этого ещё дело не дошло . Так что, рекомендую во втором сезоне хотя бы посмотреть арку сестёр, ибо она довольно стоящая. Ведь второй сезон даже называется "S", что значит Sisters, на чём сезон и делал акцент.