Ну и базе данных такое на пользу не пойдёт, поди потом докажи, что это не какие нибудь эксперты признали сабж разными франшизами, а просто попилино что бы ты ачивку заимел..

можно объявить две ачивки по одной франшизе
одна по fate_zero

- neko_id: fate_zero
  level: 1
  algo: duration
  filters:
    franchise: fate_zero
    not_anime_ids:
    - kara-no-kyoukai_anime_id_1
    - kara-no-kyoukai_anime_id_2
    - ...

другая по kara no kyoukai

- neko_id: kara_no_kyoukai
  level: 1
  algo: duration
  filters:
    franchise: fate_zero
    anime_ids:
    - kara-no-kyoukai_anime_id_1
    - kara-no-kyoukai_anime_id_2
    - ...

я был против использования not_anime_ids для исправления ситуаций, когда во франшизе на сайте отображаются неправильные аниме, потому что это исправило бы франшизу только для ачивки, а исправлять надо по всему сайту.
если надо разбивать франшизу на две ачивки, то вариант с not_anime_ids как раз то, что нужно