Судьба/Начало - точно не подходит, именно в данном аниме нет персонажа, которого точно можно назвать антагонистом. Лучше убрать.
Судьба/Ночь схватки и последующие - Вот тут уже Кирэй полноценный антагонист.
Судьба/Апокриф - Антагонист на самом деле духовный лидер восстания в Симабаре, бунта японских христиан в начале периода Эдо. На начало аниме - служитель церкви.
Непорочная Мария - странно,что никто не предложил. Главная героиня - ведьма, на которую охотится церковь.
Прегрешение: Семь смертных грехов - тоже странно, что никто не предложил. Главная героиня - Люцифер. Соответственно, ангелы тут - антагонисты с которыми была финальная битва.
Ангелы ада - настоящим злодеем в этой истории оказался Авель.
Измерение 18 - Я плохо помню, но какое-то время тут злодейкой была Ева.