Ну начнем с самого заметного: 1) В Yu☆Gi☆Oh! Duel Monsters полностью убрали персонажа Михо Носака. 2) В сериале Yu☆Gi☆Oh! Duel Monsters конфликт между Юги Муто и Сэто Кайбой в 1 серии произошел по той причине, что Сугороку Муто, отказался отдавать карту Blue-Eyes White Dragon. в сериале Yu☆Gi☆Oh! этот конфликт тоже присутствует, но, там во первых Сугороку Муто никто не похищал, а во вторых, он разрешился обычной игрой между Юги Муто и Сэто Кайбой, которая окончилась ничьей, впоследствии Юги Муто и Сэто Кайба еще ни раз встретятся по ходу сериала и вот та битва, которую мы видим в 1 серии сериала Yu☆Gi☆Oh! Duel Monsters, тут тоже присутствует в самом конце сериала и там точно так же похищают Сугороку Муто, вот только Сэто Кайба похитил Сугороку Муто не потому, что он не получил карту Blue-Eyes White Dragon, а по той причине, что он успел возненавидеть Юги Муто за те многочисленные встречи с ним, которые происходили по ходу сериала. 3) Та самая битва в 1 серии сериала Yu☆Gi☆Oh! Duel Monsters проходит без зрителей, а в сериала Yu☆Gi☆Oh! эта битва проходит со зрителями. 4) В 3 серии сериала Yu☆Gi☆Oh! Duel Monsters, Кацуя Дзёноути сообщает своим друзьям о том, что у него есть сестра, а в сериале Yu☆Gi☆Oh! его друзья лично встречались с его сестрой, задолго до битвы из 1 серии сериала Yu☆Gi☆Oh! Duel Monsters.

(К примеру, как Юги Муто собрал загадку тысячелетия или как он подружился со своими друзьями)