Начнём с меньшего и пойдём по нарастающей.
1. Чрезмеееерная озабоченность главного героя. Была ли она такая в ВН?
Ок, я согласен, что озабоченность гг в школе - переходный возраст, спермотаксикоз, все дела. Было дело, проходили. Потом он несколько лет живёт с жрицей, у них появляется дочка. Вроде бы как тихая и семейная жизнь... А потом вдруг жена убивает себя у него на глазах, травма, все дела, год в тюрьме, потом он знакомится с лидершей, делает с ней дочку (год без секса, плюс просьба... Панимаю), а затем он шутит про грудь Эрики и снова начинает пошлятить. Огорчение

2. Каким образом Арима Кадай стал наблюдателем? Версия, что с помощью отражателя неверна, ибо он оставил его сыну (и то не до конца собранный), ибо по аниме (да, я читал, что Вы писали, что в вн это не так, но всё же) при перемещении в Дела Гранда отражатель остаётся с тобой.
Версия, что с помощью молнии так же скорее всего не верна, ибо Рюдзодзи и Майя при попадании той молнии оказались в Дела Гранде, а не стали наблюдателями.

2.5. Вопрос частично включает и затрагивает предыдущий. Почему молния, ударившая в Рюдзодзи и Майю не убила их, как это было раньше, а перенесла в Дела Гранду? Да и вообще. Предпосылок к удару молнии никаких не было, ибо молния бьёт только в том случае, если кто-то забирает психит.

3. Эрико. Окей, она убила межпространственного нарушителя в Дела Гранде. Я с этим согласен. Но, как я понимаю, межпространственный, при ударе молнии и перемещении разделился, или, правильнее будет сказать скопировался. Их стало два. Один живёт в настоящем времени и мечтает попасть в Дела Гранду, второй же успешно существует в той самой Дела Гранде (в пользу этой теории говорит и то, что Майю-то как-то скопировалась и на наш мир, и на ДГ и фактически, её стало две). Тогда... Почему Эрику отозвали? Да, она убила Межпространственного в ДГ и остановила столкновение ДГ с Землёй, но ведь... Ещё остался жив Межпространственный в реальности, в теле всё того же Рюдзодзи.

А теперь пойдём по самому главному. Дыры в сюжете.

4. Такуя - сын Кадая и жрицы.
Жрицы появляются в этом мире раз в 400 лет, дабы остановить столкновение миров. По ходу сюжета мы узнаём, что Такуя проведёт ритуал в этом четырёхсотлетии, а значит, предыдущий ритуал был, ровно как и предыдущая жрица жила ~400 лет назад. Вопрос-каким образом произошла встреча Кадая и Жрицы из 1600-х годов? Жители ДГ способны жить практически вечно(ибо предпосылок в аниме этому не было, но - как вариант)? А путешествия в будущее не предусмотрены, ибо, как я понял, их не могла даже делать даже Эрика.

5. Ваш 13-й пункт, что Такуя и Юно стали Адамом и Евой. Да, тут вопрос к потомству довольно серьёзный, хех, ибо, если верить библейской теории мироздания - все ныне живущие люди - пра...внуки Адама и Евы.
Но да ладно, допустим, как-то у них это вышло, окей, опустим этот вопрос (фентези ж всё-таки). Я даже готов с этим смириться, ибо конец в таком сеттинге реально хорош. Вопрос в другом.
Получается, создатель просто наплевал на то, о чём твердилось всё аниме, о том, что основой всему стала первопричинность. Первопричинность появления людей -> Адам и Ева, прапрапра...внуками которых все из нынеживущих и являются. А теперь получается такой момент, что и Адам(Такуя), и Ева(Юно) - возвращенные в прошлое Прапрапра...внуки... САМИХ СЕБЯ!? Вы меня простите, но такого же не может быть!!

6.добавляю шестым, ибо про этот вопрос я забыл. Почему за 8000 лет не было ни одной экспедиции в гору Санкаку? Ни за что не поверю, что не было ни одного исследования её. Ведь там столько подземных ходов и это такой памятник древней архитектуры!! А тем более Башня.