Героев просто спасли люди, которые буквально минуту назад пытались их всех убить. Спасли потому что командующий вражеским кораблём увидел в физическом воплощении корабля героев свою умершую дочь. Минутного созерцания её образа было достаточно чтобы полностью сменить его мнение на полностью противоположное.

Официальная версией было "террористы", Конрад был единственным кто знал реальные события. А когда капитан отдаёт прямой приказ и затем стреляет себе в висок продолжать бессмысленный бой желающих найдётся немного.
Что до самого Конрада то во первых он преследовал Браттику именно в качестве мести за дочку, а во вторых контакт с вайя-кораблём выносит мозги и капитаны по факту всё равно одноразовые.

Также в конце все персонажи были готовы переубивать друг друга, но их останавливает внезапное спасение, а спустя некоторое время в эпилоге все они уже друзья. А вновь прибывшим на корабль персонажам с какого-то перепугу начинают предлагать и доверять именно те должности, на которых во время сериала они показали себя хуже всего и их с этих должностей просто прогнали. А также никак не наказали потенциального массового убийцу, просто простив его Также как скорее всего не наказали уже состоявшегося убийцу, который убивал ещё до начала событий сериала, а в самом серале пытался убить нескольких персонажей.

Плохое забывается, а прямой угрозы больше нет. При этом Браттика/Ривиус в принципе отказалась работать с другим экипажем так что на роль морских свинок (напоминаю, вайя-корабли выносят мозг) взяли единственных подходящих. При этом Цвай вообще единственные кто там учился именно на пилотирование, а отсутствие амбиций и инициативы в рассматриваемых условиях плюс.
Наказывают за действия, а не за намерение. А перестраивать ради единственного прецедента всю судебную систему слишком дорого и чревато слишком большими последствиями. Сектантку конечно посадили, но от остальных в рассматриваемых условиях вреда не ожидается.

Другой вопрос почему экипаж решил "вернуться" после столь шокирующих событий. Но тут можно предположить банальный запрет на профессию выше третьего помошника поломойки в зачуханном макдаке, государство свидетелей своих ошибок не прощает.

Всю бредовость концовки конечно парой слов не описать.

Бредовость концовки вполне логично вытекает из бредовости сеттинга (впрочем не хуже гандамов), но в пределах сеттинга она вполне логична.