ну для ремейка альтернативная история - достаточно обычное дело. Да, скорее всего, Stand Alone Complex не рассказывает истории из оригинальной манги, но это и не альтернативная вселенная, а та же самая. Многие же адаптации достаточно сильно отклоняются от оригинала - но Stand Alone Complex все равно основан на оригинальной манге, а не самостоятельное произведение. Что-то вроде сиквела.
На странице аниме в википедии Ghost in the Shell: Stand Alone Complex is a Japanese anime television series produced by Production I.G and based on Masamune Shirow's manga Ghost in the Shell.
На странице манги в том же абзаце.
Animation studio Production I.G has produced several different anime adaptations of Ghost in the Shell, starting with the 1995 film of the same name, telling the story of Section 9's investigation of the Puppet Master. The film was followed by a sequel titled Ghost in the Shell 2: Innocence, released in 2004. Meanwhile, a television series release began in 2002 under the title Ghost in the Shell: Stand Alone Complex, telling an alternate story from the manga and first film, featuring Section 9's investigations of government corruption in the Laughing Man and Individual Eleven incidents.
То есть, как мне кажется, чисто терминологически это все равно считается адаптацией.