Простым забросом в тыл, с последующим выходом шпиона на тех, кто сможет передать данные. Это не очень эффективно, но по другому никак. В мирное время подобные операции конечно не проводятся, потому что легче купить билет на самолёт и въехать как обычный гражданин. Всё равно все всё понимают, но закрывают глаза, потому что эффективнее впустить человека в страну и дать ему собирать информацию, занеся самого человека в список, а может и самим закупить у него информацию. Шпионы на одно государство никогда не работают и особым патриотизмом не отличаются.
Военная разведка в военное время отличается от военной разведки в мирное время. В военное время в основном используются ДРГ, подконтрольные вооружённым силам, потому что они подчиняются формальным приказам и с ними меньше проблем. Эффективность использования агентов понижается, потому что, опять же, они на одно государство не работают, а опираться на стратегические данные, полученные от человека, который на 30% работает на страну 1, 20% на страну 2, 40% на страну 3 и 10% на страну 4 - это верный приговор.
В мирное время для получения более менее полной военной информации достаточно агентов, которые будут сидеть по важным портовым и производственным городам и записывать все перемещения военной техники и кораблей, а потом отправлять письма с шифровками.

как говорится, разберем по частям...
это первая претензия реально к логике а не соответствию реальной политике, и на это я отвечал своим третьим комментом в топике.
опять речь об понимании автором реальных принципов работы, как и в примерах выше.
в целом претензия логическая, но ответ логический на неё тоже есть. гг-тян не посадили потому что они в достаточно особом положении.
трюк который она провернула принёс именно больше плюсов чем минусов (по сути стал основой их метода обучения), и как человек сумевший сорганизоваться она подходит на роль лидера. они просто не в той ситуации где закон имеет какое-то значение. там всё происходит по воле гг-куна, а в его интересах их всех обучить, а не расстреливать за проступки с которыми он может легко справиться.
ну а тут справедливо.

реальных претензий к логике тут нет (хотя ошибок в аниме - море)