Честно, в Kimi no nawa автор наваливает много контекста (это я не только про синто, а вообще в целом о Японии), и за это ему респект. Очень приятно познавать Японию и ее культуру через призму анимации.

Вообще, основой сюжета, становится общение Мицухи и Таки, которые, по сути разделены мирами.
Общение и взаимодействие человека с миром духов, это отсылка к синтоизму.

К примеру все эти ритуалы которым обучают Мицуху, которая, по сути, является мико.(синтоизм):
Ритуалы, подношения богам, общения с духами. Это все элементы синтоизма.

Так же символическая, красная нить судьбы, которая проходит через всю историю, не помню правда относится ли она к синтоизму, но как она вплетена в сюжет - мне понравилось.

И то как именно эта нить мелькает для зрителя:

• Если не путаю, то ее Мицуха плетет вместе с бабушкой
• С помощью нее, Мицуха подвязывает свои волосы
• Эту же нить она бросает Таки, в поезде и он ее хватает мизинцем.

А так же про время, когда можно попасть из нашего мира, в мир духов. Я точно не уверен, но скорее всего, это тоже отсылается к синто.(так как духи )
Я привел самые яркие примеры, там в целом очень много чего, что отсылает к традициям и верованиям в синтоизме.

Мне нравится сам постер, который банально показывает нам разделение героев на два мира, а по центру, их разделяет, как бы вычерчивая границу между героями, солнце - Аматэрасу(тоже синтоизм).