После изменения:
2201 год. Битва с императором Зордаром и Империей Кометы окончена. Ямато возвращается на Землю для ремонта. Кодаю [Susumu Kodai] и его команде нужно отдать последние почести павшим товарищам и набрать новых членов экипажа. Немало же предстоит Кодаю и его друзьям повозиться с новичками прежде чем они будут готовы к битвам. Но отдых продлится недолго. Ямато вновь отправляется в поход. Деслер [Aberdt Desler], вернувшись с остатками своего флота к родной планете Гамилус, обнаруживает на ней захватчиков. Империя Темной Туманности хочет присоединить Гамилус и Искандар к свои владениям, ведь их недра богаты ценными минералами. Кодай и Деслер, в прошлом заклятый враг Ямато, теперь должны объединиться чтобы противостоять новой угрозе.
