Мадока стала богиней, которая растворяет волшебниц до того, как они становятся ведьмами, однако появляется проблема баланса сил.

От отчаяния из-за расставания с Мадокой Хомура оказывается ведьмой, которую заточили перед превращением, и после того, как этот барьер сломался, а Хомура вернулась к состоянию, в котором она была перед самым превращением в ведьму, появляется Мадока в образе богини, чтобы растворить Хомуру перед превращением. Но не тут то было, Хомура больше не собирается отпускать Мадоку, и оказывается, что она задумала все это изначально, поэтому она перестраивает Вселённую заново и пленит часть Мадоки и её воспоминания, став Дьяволом. Вот до чего людей доводит любовь, а от любви до ненависти как мы знаем один шаг.