Классическое ЗАТО, оно же "почтовый ящик". Работает очень просто - на оборонку.
Так ее и нет. Внимания ребенку Гендо уделяет мало, но материальное обеспечение на высоте. Если бы не вмешательство Мисато, он бы вообще в личной хате жил. Да и по жизни батя прикроет, вон Синдзи чечетку на военном объекте плясал, так, что штукатурка сыпалась, и чо? И ничо. Сын командующего же, кто его посодит.

Объяснение очень простое - делать конфликт отцов и детей сценаристы либо не умеют, либо не хотят. В аниме, реально плохой родитель, реально заслуживающий ненависти ребенка, с вероятностью 99% будет уголовником. И то, ребенку положено любить маму с папой все равно. Ну, вон как в Нанохе, где мать Фейт об нее ноги вытирает, грезит только покойной дочкой, а Фейт все равно плак-плак-плак, мама, я тебя люба. Алкашом-педофилом Гендо делать не захотели. Значит, остается конфликт, потому что ну чо, возраст такой, подросток трудный.