Нанами - человек (хоть и обладающая силой богини храма) и она смертная. Томоэ понял (на примере старушки жрицы островного храма), что Нанами вот так же состарится и умрет и он ничего не сможет сделать. А Нанами узнала, что ему страдать после ее потери веки вечные. Поэтому становление Томоэ человеком - самый логичный выход. Тем более, что он сам этого хотел еще 500 лет назад.
@Netherel, концовка такая,Остальные ёкаи не канули в лету, они продолжили заниматься своими делами, плюс, Нанами и Томоэ вернулись в храм вместе с новорожденным сыном.
Но завершение очень скомканное само по себе безотносительно решения персонажей:слишком резкий переход от окончания школы к свадьбе.
@Mari_san