Шпионской тематики в аниме море, но чаще в старом, а ньюфаги не знают старые тайтлы, потому что старая графика наносит им какую-то травму. Некоторые взрослые зрители и зрительницы же больше любят аниме про милых девочек, и, понятное дело, в их поле зрения шпионские тайтлы не попадают.
Известны "Игра джокера", "Орган геноцида" и много тайтлов, где эта тематика присутствует, но не на первом плане. Также много боевиков и военки 70-90-х со шпионами, но такое мало кто смотрит в РФ.
Кстати, шиноби — тоже шпионы, вот в "Наруто" шпионажа полно.