Пока в Токио готовится торжественное открытие пары новеньких небоскрёбов, происходит серия убийств людей, связанных с этими башнями. Конан Эдогава подозревает, что в этих преступлениях замешан таинственный «Синдикат», с которым ему уже не раз приходилось сталкиваться.