Спустя шесть месяцев после подавления восстания реплоидов происходит новая вспышка нападений мавериков на людей. Икс, вынужденный временно работать в одиночку, берётся выяснить причину возобновившихся агрессий со стороны роботов, даже не подозревая о скорой встрече со старым врагом.