Ученица Академии Нагатедзоуки, которая является одной из пяти самых престижных школ Академия-Сити. Позже была отчислена из неё. Скорее всего у неё нет никаких способностей эспера. Шинобу принимала активное участие в эксперименте «Сёстры» ещё до того, как он был заморожен. Именно она создала программу Завет. Её просят о помощи во второй раз, когда Сёстры были использованы в проекте «Достижение 6 уровня». Однако, когда она узнала, что в клонах нет никаких моральных норм и то, для чего они используются, она решает остановить этот ужасный проект. Она прятала конверты с кредитными картами по всему городу и исключительно в тех местах, где нет камер наблюдений и людей. На них была начислена разная сумма денег и поэтому люди с большой охотой искали их. Тем самым, она заставляла людей приходить в те места, где проводятся эксперименты. Однако этого было не достаточно для того, чтобы учёные отказались в продолжении эксперимента. Именно от неё Мисака узнаёт об экспериментах, что проводятся в городе. Позже она проникает в лабораторию в надежде остановить проект. В этот раз она собиралась внедрить в клонах чувство страха, поставив под сомнение мораль эксперимента. Но в последний момент Кинухата останавливает её.
Филлерная арка
После того, как ITEM арестовали её и взяли в заложники, они продали её организации STUDY. Она участвовала в программе по созданию нового способа формирования эсперов с равнозначной силой. Она смогла осуществить побег для Фебри, напоследок сказав ей, чтобы она хорошо запомнила имя «Мисака Микото». А после, действуя из тени, пыталась саботировать проект. В итоге её раскрыли, но благодаря усилиям Мисаки и её друзей она смогла предотвратить последнюю стадию проекта, включающую полное уничтожение Академия-Сити. После того как всё закончилось, она вместе с Фебри и Джени улетела за границу на их лечение.