Все главные героини, кроме Хомуры, так или иначе умирали. Да и у Хомуры в конце третьего мувика есть жирный намек на самовыпил, хотя в новом мувике она появится. Так что это просто мысли в слух.
Мадока умирала во всех временных линиях, из-за чего, собственно, и начался весь сюжет. В конце стала богиней и перестала существовать в человеческой реальности, стерев все воспоминания о себе из реального мира. Но третий мувик как бы намекает, что она является проводником душ в "лучший мир", то есть в мир мертвых.
Саяка по канону мертва. После переписывания Мадокой законов вселенной, ее душа перед превращением в ведьму ушла "в мир иной". В аниме была сцена ее похорон после становления ведьмой и сцена прощания ее призрака с Кёко.
Кёко мертва в основной сюжетной линии, но воскресла после переписывания Мадокой законов вселенной.
То же самое с Мами. Так что Мами и Кёко ー воскресшие, Мадока и Саяка ー особый случай, поскольку Хомура затянула их в свой барьер и переписала вселенную после Мадоки, став ее антиподом ー дьяволом. Что с самой Хомурой, пока никто не знает.