Инкарнация не "закрывает дыры", а является причиной отсутствия некоторых дыр.
Это не реткон. Это часть системы. Можно указывать на дыры в работе системы. Например, почему в одних случаях инкарнация работает, в других не работает, почему один более самоувереннее другого...

К чему тогда вообще вся ранковая система нужна

Неизвестно, но вряд ли для создания ещё одной игры с прокачкой Уровней у персонажей нет. По сути есть лишь уровни доступа к командам и оружию(объектам)