@Kapitan Darwin, единого потока времени, во всем разнообразии этих фильмов и сериалов, здесь можно не искать от слова совсем. Даже при условии того, что все это делалось одной студией, бывают разногласия в сюжете даже в рамках одной ветви этой "вселенной". Так допустим фильм 95-го (Koukaku KidoutaiПризрак в доспехах) не связан логически с "невинностью" (InnocenceПризрак в доспехах 2: Невинность), хотя снято одним режиссёром, но это по сути утверждает сам режиссёр.
По этому искать связь от одного произведения к другому здесь не стоит, максимум объединять в единую цепочку такие ответвления как "синдром одиночки" и ему подобные. А разнообразие внешнего вида майора запросто можно объяснить тем, то что она киборг, тело к ней можно приделать любое.