Тезисы к сюжету фильма :
1. Хомура находится в плену Инкубатора и живет в воссозданной ей же реальности.
2. Мами и Кеко - живы. Были заманены Хомурой в ложную реальность. Память Мами и Кеко переписаны.
3. Мадока - сущность, приходящая к волшебницам, что вот-вот станут ведьмами. Мадоку никто из живых не помнит, кроме Хомуры. Волшебницы мира Мадоку не знают, но знают, что какая-то сила приходит очистить самоцвет души, потому все зовут Мадоку "Колесо судьбы".
4. В реальном мире ведьм больше нет, благодаря Мадоке. Все волшебницы сражаются с "Отродьями"
5. В иллюзорном мире Хомуры нет ни отродьев, ни ведьм. Там Кошмары. Сражения с Кошмарами специфичны - их надо не убить, а успокоить и покормить.
6. Мадока (Колесо судьбы) пришла очистить самоцвет Хомуры, но попалав в ее Илюзорный мир подверглась перепеси память и не осознает своих сил.
7. Цель Инкубатора спровоцировать возвращение памяти Мадоки внутри мира хомуры, чтобы пронаблюдать как она очищает самоцветы. А в дальнейшем, получив информацию, придумать как подчинить Мадоку.
8. Саека и Бебе мертвы в реальном мире. Но их сознание сохранено в сущности Мадоки: сознания Саеки и Бебе путелествуют вместе с Мадокой, очищщая волшебниц. Потому когда Мадока попала в иллюзию Хомору, то и Саека и Бебе оказались там же.
9. Саека и Бебе память не потеряли. Но они подигрывают иллюзии хомуры, чтобы выяснить планы инкубатора и разобраться : как ему противостоять.
10. Когда иллюзия хомуры разрушена, то Кеко и Мами свободны. Саека, Мадока и Бебе возвращаются в свое абстрактное небытье, но перед этим хотят очистить самоцвет души Хомуры.
11.в момент когда Мадока пытается очистить самоцвет, Хомура похищает ее силу и перестраивает вселённую.
12. Саека остается единственной, кто все помнит и осознает, что натворила Хомура