Как я уже писал, в Кланнаде сверхъестественное подано загадочно, зачастую в виде ассоциаций и понимать мы его должны на подсознательном уровне. Но я в этом разборе выскажу все напрямую, разрушив всю ту загадочность, поэтому для того, что бы сохранить впечатления стоит воспринимать мои слова более абстрактно и не в прямом смысле, а так же понимать что все действия выполняются на уровне эмоций, а не логики.
Итак, по сюжету главный герой обладает даром изменять судьбы людей и мир силой своей воли, получая некие "огоньки" когда дарит людям счастье (Фуко из-за своего провала между мирами заметила его дар, говоря, что он очень странный парень). Томоя встречает Нагису, у которой дар совсем иной. Она - проводник духовной энергии, катализатор обретения счастья окружающими. И как бы получается, что она отдает свою жизненную энергию городу, не оставляя себе, от чего она имеет слабое здоровье и неуверенный характер. Думаю вы помните разговоры о городе от Нагисы, которые намекают на ее суть (взять ту же мою цитату в начале рецензии), хотя сами герои не осознают того, что обладают этими дарами. Да и вообще о городе, которому причиняют боль и который исполняет мечты, в новелле и аниме довольно часто упоминается разными героями, вот для примера момент (ссылка на вырезанный момент, дальше буду их называть "отрезок"). До 5 лет у Нагисы все было нормально, но когда Акио "отдал её городу" у неё проснулся дар (вспоминаем серию с флешбэком, когда Акио побежал на "свое любимое место" с умирающей маленькой дочерью в руках, и какое-то чудо спасло её жизнь). Учитывая все это - ясно, что кроме Томои, Нагису никто не сможет спасти, ведь ему по барабану законы природы, и именно это я имел ввиду под "встречей по велению судьбы", но об этом немного позже. Нагиса, родив Усио, не смогла выжить т.к. жизненной энергии не хватило на двоих людей и она отдала все своей дочери, что бы та смогла выжить. Напомню, что это все подсознательно и управляется чувствами героев.

Усио в себе унаследовала и соединила дары обоих родителей, то есть она может изменять город, и есть две версии происходящего. Либо девочка осознанно с рождения поняла ситуацию и нашла единственный выход:
1. Разбудить дар отца и заставить его действовать.
2. Вернуть мать и излечить от проклятия, изменив её дар.
Она подождала пока Томоя наберет сил, позвала его и вправив мозги заставила действовать. На ее осознанность намекает то, что озвучивать ее позвали опытнейшую 43-летнюю сейю. Либо сделала это неосознанно, на вызванных эмоциях после "воссоединения" с отцом. В обсуждениях по этому поводу популярен первый вариант, но лично мне больше импонирует второй, да и посмотрите сами на её реакцию (отрезок)
Как она собралась все это сделать? Она переместила большую часть своей личности на высшие уровни, и потратив почти всю накопленную силу, чтобы выделить там участок, создала иллюзорный мир, точку опоры, отталкиваясь от которой, Томоя может прыгать по временам и реальностям и вовсю дарить людям счастье, а реальном мире она оставшись без сил умерла. Т.к. жизненная энергия Усио и Нагисы связаны, у Нагисы в голове был сюжет об одинокой девочке и пустом мире. (и как вы уже поняли события первого сезона происходят после 21-й серии второго, как бы странно это не звучало). Энергия счастья, то есть огоньки, они будет накапливатся в "анклаве" Усио. Задача Томои - накопить достаточно, чтобы хватило сил на один мощный удар с кардинальным изменением реальности. И вот Усио расщепила сознание Томои и отправила в параллельные миры, запечатав его воспоминания и дав подсознательную установку на добрые дела. Часть сознания, как точка опоры Томои, была в том самом роботе, который имел лишь смутные воспоминания о том, как он жил в другом мире.

Родители Котоми, которые были учеными, как раз и изучали теорию этих параллельных миров и мистику всего города (отрезок). Кстати, у героя в новелле изредка бывали интересные дежавю, когда он вспоминал о событиях других миров. В полнометражке Врат Штейна похожая ситуация в которой объясняются такие дежавю. В новелле каждый раз начинаешь в одном из параллельных миров, и когда концентрируясь на определенном персонаже получаешь счастливую концовку, перед титрами видно анимацию "огонька счастья", который летит в руку (параллельные миры наглядно показаны в спешлах про Томоё и Кё). Именно в этом и заключается концепция визуальной новеллы, о которой я упоминал немного выше в рецензии. Все полученные огоньки отображаются в главном меню, и когда соберешь все, огоньки превращаются в похожую на ту из иллюзорного мира, со светящейся пульсирующей аурой и характерным мистическим звуком вместо музыкальной темы главного меню. Начиная новую игру, в этой реальности к моменту рождения Усио разрушается иллюзорный мир и вся энергия передается Томое. Он спасает Нагису, позвав ее с той стороны, что символически отражено в 22 серии в сцене у подножия холма. Вот для наглядности вся суть (отрезок). Теперь Нагиса отдает городу столько энергии, что бы и себе оставалось на здоровье, а т.к. "Усио в платье" исчезает в далеком будущем с точки зрения главных героев, то Усио спокойно родилась и выросла в реальном мире. Наш отец успел все сделать до того как истечет время (то есть наступит зима и иллюзорный мир разрушится) и мы наблюдаем сказочную, счастливую концовку. Теперь вы понимаете, почему на постере изображены девочка с роботом. Есть теория, что когда настало то самое время, часть сознания Усио из Иллюзорного мира с памятью о параллельных мирах перенеслась в Усио из реального мира, что заметила Фуко в конце 22-й серии. Это был намек на новую историю, которой, к сожалению не будет.