Задумался, если зараза распространяется через слюну, 002 знала об этом и вирус проник в организм Хиро ещё до того момента, как Хиро через боль пообещал ей пилотировать с ней до конца, то следующее может обрести смысл:
Мицура сказал, что 002 пыталась его убить во время пилотирования, поскольку откуда-то узнал об особенностях поцелуя 002 до самого поцелуя и оставшись 1 на 1 с 002 оказался в неловкой ситуации. Другой вариант, возможно в последний момент струсил от напора, а реакция 002 на отказ/обман не заставила себя долго ждать (устроила ему темную). Далее, Мицуру узнал от руководства о шокирующих последствиях поцелуя и окончательно убедил себя в том, что 002 пыталась его именно убить.
Замечу, что Мицуру единственный молодой выживший пилот. Допускаю, что 002 могла даже сама рассказать, что к чему, мы же не знаем насколько Мицуру обаятелен на деле, может он и не такой аутсайдер, как кажется сейчас.
Возможная связь заключается в следующем:
Вдоволь насмотревшись на лицемерие, оправдания, страх и мольбы о пощаде Мицуру, 002 разочаровалась в людях, как виде, посчитав их чрезвычайно слабыми и способными на любую, пускай и красивую, ложь ради спасения собственной шкуры. Когда Хиро признавался, мысли 002 могли быть следующие "Красиво сказано, но ведь может это тебе Мицуру всё рассказал, вот и пытаешься выход нащупать. В любом случае, как ни крутись ты теперь никуда от меня не денешься, либо сдохнешь, если обманешь."
Кстати, в сцене возле пруда 002 признаёт, что её бросили.