@Real_Queen
Подскажу...
Такие темы, как Евангелион брать конечно не будем - принцип-то там примерно такой же, но, всё таки, разница слишком велика. Так же, за бортом оставим такие вещи, как Эльфийcкая песнь и Кoгда плачут цикады. И Сайкано тут, думаю, упоминать не стоит (тем более, что оно никому не нравится, кроме меня).
Попробуем накопать чего-нибудь по ближе.

Принцеcса Тютю - второе дно не такое жёсткое, как в Мадоке, но определённо есть. Ну и тайтл просто хорош.
Мaй-Химэ - вот здесь очень жёстко. С 14-й по 25 серии. Первая половина сериала довольно обычная. А последняя серия - самый эпичный фэйл. из тех, что мне доводилась встречать. Но в указанном диапазоне серий это как раз то, что нужно.
Наноха - самая прямая предтеча Мадоки. Больше сюжета, но меньше жести. Недомадока такая получается. Сериал у меня не пошёл, а вот полнометражки понравились (как, впрочем, и в Мадоке).
Земнaя дева Арджуна - ну, вот это конечно за уши притянуто...
Пoртрет малышки Козетты - тут, как и с Арджуной можно оспорить принадлежность к жанру. Сказать, что это обычный ужастик. Но я, всё-таки, не мало общего с Мадокой вижу.
Нaрутару - он очень плохо экранизирован и по этому мало известен. Если бы его сделали на нормальной студии, с нормальным режиссёром и нормальным бюджетом, то никакая Мадока была бы уже не нужна.
Юная революционерка Утэна - ну... Сойдёт. Её невозможно тут не упомянуть, хотя строгого обоснования этому я, пожалуй, не дам.
Инoпланетяне школы №9 - та же история, что с Нарутару. Причём, экранизация-то шла вполне не плохо (даже лучше, чем манга), но её просто бросили на четвёртой серии.
Кибер-виток - очень притянуто за уши, очень слабое второе дно, но сойдёт
Ута-Ката? - не смотрел. Дропнул на первой серии.
Видение Эскафлона? - только полнометражку смотрел, да и ту уже забыл.
Здесь и сейчас - а вот это, в принципе, в некотором смысле, довольно близко. Но здесь это второе дно, оно практически первое.

Уже после Мадоки вышла одна довольно-таки концептуальная вещица, про которую не скажешь, что это очередная пародия. Из нового света