Была сцена, где Мими лежала в воде, её лицо было поделено "надвое" и она говорила своей тёмной стороне, мол, пора заканчивать со злодеяниями и всё это было ошибкой. Грубо говоря, она стала опять одним человеком, найдя гармонию с собой.
Эти три минуты - обманный маневр.Коконе говорят, что чистая иллюзия перестала работать, хотя на самом деле они всё это время находились в чистой иллюзии.

Суть смены - она создала себе альтер эго, цель которого насилие и защита дочери, поскольку "сама" она защитить её мирными способами уже не могла. Они поменялись и её тёмная сторона взяла верх

Не могла, потому что она поменялась со злой Мими, когда её с дочерью схватили во время побега. Назад поменяться можно, только если добрую Мими вытащат силой (что и произошло), либо если злая сама решит поменяться

Если речь о серии, где Мими хотела сбежать из лаборатории, а Папика кинулась к ней, то тут сложнее. Теоретически Мими больше не имеет реального тела и живёт исключительно в чистой иллюзии, после взрыва в лаборатории её настоящее тело было уничтожено, но здесь возникает вопрос, почему осталась жива Папика.
Злая Мими и добрая слились в одну, а потом одна Мими говорит, что она всегда будет в чистой иллюзии и к ней можно прийти в любой момент, вот

Потому что внутри Коконы есть камень. В ноге, она как раз села на трубу в конце серии, чтобы проверить, на месте ли он, а если на месте, то чистая иллюзия открыта. Но на тот момент она и так была в чистой иллюзии, о чём говорят огромные бабочки в небе, внезапный флешбек, где Папика отправляет Кокону в пузыре в разрыв, вон из чистой иллюзии, а она перед самым выходом разрывает пузырь, оставшись внутри, но потеряв сознание.

Не только в коробке, это условно-спонтанный процесс. В самой первой серии они попали туда и без коробки, проход открылся внезапно. Главное быть рядом, вроде как