Погоди-погоди, либо я тебя не понимаю, либо ты не совсем понимаешь значение "пятой колонны". Пятая колонна — это такие люди, которые разрушают свою страну, внутренний предатель. А APE — institutions that govern humanity, они в франксе сразу за первые три колонны. Четвертой колонны (журналистики) у них вообще, видимо, нет. По крайней мере, для паразитов.

Как я понимаю, Папство доверило 13ый отряд Франксу и дала какую-то свободу, но при этом Франкс все равно должен подчиняться приказам сверху. Насколько Франкс верен папству... вопрос, но они похоже ему полностью доверяют (до момента последней серии).
С этим вообще непонятно. Хачи спросил у Альфы собираются ли они весь отряд отдать в промывальницу, и тот ответил, что только двоих.
Может, это Франкс там так залоббировал интересы паразитов (типо эксперимент все дела), что только двоим решили подтереть память, а остальных не трогать. ¯ \ _ (ツ) _ / ¯