Хомура так поступила, желая добра Мадоке. Другое дело, что Мадока понимает, что ей не место в человеческом мире, что она уже существо более высокого порядка. Хомура просто не смогла отпустить Мадоку. Собственно, это и вызвало прыжки во времени в сериале. Из-за множества неудачных попыток любовь к Мадоке превратилась в желание обладать ею. Да, она так её сможет легко защитить от инкубаторов, которых, кстати, проучила, но хочет ли того Мадока? Тем более, что Мадока была надеждой для девочек-волшебниц, но Хомура её свергла как божество, став сверхведьмой. В каком-то плане это можно считать отсылкой к Ницше, но я, опять же, почти не знаком с его работами