1. кьюбей не хотел спасать хомуру, они изначально решили поставить над ней эксперимент, потому что не понимали, как у волшебниц очищаются самоцветы души (желание мадоки). они создали вакуум (мир) внутри сознания хомуры, но по итогу всё стало только хуже.
2. мадока не хотела забирать хомуру с собой. она появилась (действия уже в реальном мире, а не сознании хомуры), чтобы очистить её почти полностью почерневший самоцвет, сказала, что «они с ней будут всегда вместе», но этого не может быть, тк мадока теперь богиня и она существует вне этих вселенных и появляется для очищения самоцветов. хомура просекла фишку и решила, что ей это не надо. она изначально действовала только ради мадоки, по итогу каким-то образом смогла забрать часть её силы и стала демоном/чем-то большим, чем ведьма (как сказал кьюбей).