@Дочь Андромеды,
По началу он и был сумасшедшим учёным, который просто исследовал.
Но я вижу его историю как историю про изменение своих взглядов, про искупление.
Инцидент с тем, когда одного из Отцов убила королева, от Отца осталась одна маска - тогда Вернер понял что здесь что-то не так, это была отправная точка.
Паралельно выстроенной системе он вернул обычных людей, заодно спасая заморозкой отправленных на смерть.
По началу казалось, что этот новый экспериментальный отряд нужен для более эффективной борьбы с кёрю(рёвозавры), мол безэмоциональные болванчики это хорошо, но обычные люди с эмоциями способны на гораздо большее, и т.д.
Но в дальнейшем оказалось, что он словно искал искупления: вернул людей, которых сам же и уничтожил, спас тех кто приговорён, и помог объединиться тем, кого разделил (хиро и 002), в конце ещё и сильно помог им. По итогу его действия по отношению к 002, та кто Вернера должна была ненавидеть больше всех, были такими, что 002 в конце его ещё и поблагодарила. Беря во внимание эту информацию, мне не кажется что он это делал из-за сухого исследовательского интереса.

По поводу попущений отряду - одними попущениями там не обошлось. Из действий складывается ощущение, что Вернер готовил их к чему-то.
Он специально оставил комнату предыдущего отряда не тронутой, чтоб рано или поздно отряд обнаружил старый отряд.
Он специально выпер их на неотмеченное место на карте (то есть он знал что это за место, что подтверждает ещё и дом в лесу с которого скопировали хату паразитов), и оставил их без наблюдения на длительное время. Мне хочется думать что книгу про детей он тоже специально положил на проход в одном из домов, но тут не знаю, несколько раз пересматривал - вовсе не кажется что она лежит там специально так, чтобы её заметили, склоняюсь что такую многоходовочку уже невозможно просчитать и книга таки была найдена случайно.
Специально отряду была дана огромная свобода действия, по поводу чего возмущались взрослые 7 и 8.
Затем он специально оставил паразитов на месяц предоставленных самим себе, словно это ещё одна тренировка какая-то.
Мне из этого видно что он подготавливал их к максимальной самостоятельности, из чего следует что он мог предполагать, что эта самостоятельность им когда-нибудь пригодится. Например, когда отцы явят свою сущность, и придётся менять уклад жизни. Да, догадки, но мне они кажутся сильными, ну или хотя бы - не безосновательными. Либо у нас версия о том что он просто учёный, все действия которого были случайны, просто ради исследования, ну а то что он кому-то там помог - ну то просто его "бзик", либо у нас версия что он человек понявший что был не прав, и решивший исправить "несколько" ошибок в жизни. Того что у нас есть - достаточно, чтобы видеть в нём живого человека, поэтому я за второй вариант.