Мне кажется, она радуется тому, что спасла Мадоку. Потому что Мадока была вынуждена выполнять роль Богини, которая вечно очищает самоцветы, спасает волшебниц, но о ней в реальном мире никто не помнит, в том числе и ее родные. А ведь в третьем фильме она говорит Хому, что любит своих близких, никогда их не оставит, потому что не желает этого (когда она по прихоти кьюбеев забыла о своей сущности Богини). Думаю, это стало толчком для Хомуры, желающей спасти её от этого положения. Не думаю, что ее пока можно охарактеризовать, как яндере, имхо. Если бы она хотела просто быть рядом с Канаме, то согласилась бы в конце уйти вместе с ней, когда Мадока к ней пришла, желая забрать ее, но она решилась даже на конфликт лишь бы ей обычную жизнь вернуть. Ведь теперь есть риск стать врагами. Ну, это мое виденье.
Не думаю, что в новом мире у всех все хорошо. Пленение частички Богини не могло пройти без последствий, Мадока сейчас получается свою работу по очищению самоцветов не может выполнять. Плюс Саяка сказала, что Хому отняла у волшебниц надежду на спасение.
Мои варианты:
1) либо ведьмы вернулись в этот мир из-за захвата Мадоки (это объясняет фразу Саяки о том, что та украла надежду на спасение у волшебниц и стала "дьяволом"). Может они вновь трансформируются в ведьм? ;
2) либо никаких ведьм нет, все хорошо, но раз ведьм нет, то мир в результате погибнет из-за
тепловой смерти, потому что законы энтропии не выполняются. Может об этом уничтожении мира говорила Хомура? Что-то вроде: "Ведьм я убрала, Мадоку спасла, но теперь мир погибнет из-за тепловой смерти".

А еще нам ведь показали потрепанного, испуганного кьюбея в конце. Может поэтому Хомура так радовалась и танцевала? Что отомстила этому пушистому хитрецу.