Вообще, ещё в момент нападения Пейна на Коноху было показано, что люди не умирают окончательно, их чакра переходит в иной мир, откуда при определённых манипуляциях может вернуться. Так и тут, Обито благодаря особенностям своих глаз смог вернуться, правда, без носителя его чакра бы рассеялась, полагаю, так что Какаши подошёл как временный носитель, после чего Обито вернулся назад. Реинкарнации - суть то же самое, термин "реинкарнация" применён в манге не совсем корректно, на мой взгляд, более правильно будет говорить "одержимость", ибо в Наруто и Саске была чакра братьев, которая, как говорил Рикудо, скиталась по миру, видимо, подбирая подходящих носителей. И это так же не противоречит показанному в манге. Точно так же Рикудо призывал прошлых каге. С Мадарой вроде тоже всё разжёвано - мало того, что в нём была чакра Индры, вдобавок к этому он присоединил чакру Ашуры, имплантировав себе плоть Хаширамы. Так и получился риннеган, который даёт контроль всех стихий, скорее всего, это так же помогает и в контроле сендзюцу. Рояльного ничего не было. Почему он не использовал их постоянно? Примерно об этом говорилось, когда он применил завершённое сусаноо против каге - он не любит дважды применять техники, от которых, по его мнению, кто-то должен был умереть. И тем не менее, перед активацией вечного цукиёми он устраивает бомбардировку метеоритами. Что за техника? Тут два мнения лично у меня: первое - так как риннеган даёт контроль гравитации, то он может притянуть, допустим, с орбиты эти самые метеориты, второе, для меня более вероятное - создание материи, аналог техники, которой Рикудо создавал биджу. Плюс местная Луна была из чего-то создана, я не уверен, что Рикудо отрывал куски таких размеров от своей планеты. А вот момент с миром гравитации, пожалуй, правильный пример, ближе к концу Кишимото слегка исписался. Могу предположить, что чем больше у тебя чакры, тем сильнее действует гравитация.