Все просто: нет Мадоки - нет схождения и уничтожения.
Тебе же объяснили в самом начале, что Хомура своими действиями создала связь между этими мирами. Объективным, с точки зрения верса, будет не таймлайн конкретной Мадоки, а весь непрерывный путь Хомуры. Каждый новый таймлайн становился частью в ёё линейной временной последовательности. И внутри этого большого таймлайна Хомуры непрерывно растет потенциал Мадоки, по уже озвученным причинам.
Вот маленькая схема для наглядности.
650x365