@IMOV, довольно странный вопрос. Есть система прогрессии адаптаций и если есть ранобе то это: ранобе => манга => аниме; или, в редких случаях: ранобе => аниме. То есть если ранобе и есть - то оно является первоисточником в 100% случаев. У них тоже есть градация, для начала стоит пояснить, что новелла = ранобе(особенности японского языка). И часто авторы изначально выкладывают свои работы на специальный сайт и эти работы называются - веб-новеллами. Если их работа найдет отклик и их заметит редакция, то они начинают печатать в продажу уже ранобе(новеллу). Естественно, чтобы привлечь аудиторию веб-новеллы, в оригинальную работу вносятся правки и корректировки, вплоть до возможного изменения сюжетных веток. И именно по новелле(а не ее веб версии), которую отправляют в печать, потом делают мангу и(или) аниме.
Так же верно, что если нету ранобе, а есть только манга, это значит что мангака сам придумал сюжет - и она и есть первоисточник. Но это редкость в наше время.
Но это вопрос о каноничности. Если говорить о частных случаях, бываю и такие, что и для привлечения адитории читателей манги - изменяют сюжет, как в этом случае. Это не меняет вопрос канона, но в случае с аниме - будут адаптировать, естественно более популярный вариант.