Мне не известно. То есть по оригинальной идее они были призваны обозначать возрастную/гендерную категорию, но по факту стали обозначать жанр (или метажанр).
Many of the categories (especially shounen and shoujo) have widespread stylistic or narrative trends, and are often functionally treated as genres. tvtropes.org
Многие слова в момент их появления означали одно, а со временем совсем другое. Упирать на их этимологию не всегда имеет смысл.
tvtropes.org