Особенно по поводу того, что главные герои "забыли свою мотивацию", связанную с деревней и еë мрачными традициями. Переломный момент в истории как раз и случился в тот момент, когда Саки осознала, что эта система имела смысл. Да, она лишилась друзей. Да, это жестоко. Но это было необходимо, чтобы на свет не появилось то чудовище, которое в итоге с крысами терраризировало людей. Сами крысы были результатом принудительной генетической мутации неспособных к телекинезу людьми со сверхспособностями, чтобы не возникало никаких междуусобиц. Они были порабощены, чтобы они помогали людям поддерживать мир внутри барьера, отлавливая, например, негодных детей... вот только крысы ещë тогда вели себя нестандартно (когда, например, в одной из первых арок крысы по идее должны были устранить детей или передать их деревне, но они этого не сделали, а наоборот - их сначала использовали, потом и вовсе помогли добраться и отпустили; или когда они должны были помочь с поисками Марии и... пацана, чьего имени я не помню, но они сначала обманули Саки, пообещав предоставить деревне подставные скелеты крыс, чьë строение было бы схожим с человеческим, после чего спустя некоторое время передали реальные скелеты, но прибрав к себе их ребëнка, потенциальное оружие). Не ожидая столь ускоренного интеллектуального развития крыс и возможности их бунта с козырем в виде "Акки", люди и поплатились за свою уверенность в идеальности их системы. И после того, как Саки с Сатору подавляют бунт, необходимость в этой системе, причëм более усовершенствованной, всë ещë осталась. Ведь риск возникновения "Акки" никуда не делся, и даже если пойти против деревни и системы - риск также никуда не денется. Если с дитя Марии и повезло, что она не являлась настоящим "Акки", то вот с настоящим будет справиться в разы сложнее.

А по поводу "дыры", где Саки якобы в конце должна была умереть из-за того, что убила Сквилера, хотя и посчитала его за человека... ответ очевидный: нет, не посчитала.
Буквально перед этим Сатору сделал вывод, что крысы - уже не люди, и спросил, как считает Саки. После чего она с полной решимостью пришла умертвить Сквилера.
Вполне доходчиво показано, что Саки испытывает к крысам сострадание... но при этом не видит в них людей, которых она обязана не убивать.