В чём согласен с комментаторами - Alien 9 действительно "не стоит смотреть знающим, что делать в любой ситуации, ничего не боящимся и умеющим с лёгкостью перекладывать свои обязанности на других." Думаю, такие действительно не поймут проблему главной героини.

К разбору этого аниме есть три подхода. Можно разбирать только прямой смысл аниме, можно узреть аллегорию на что-нибудь (обычно фрейдистскую), а ещё можно прочитать мангу целиком и исходить из того, чем эта история была до обработки анимационной студией.
Насчёт манги отзывы спорные. Многие отмечают, что читать её сложно, повествование рваное, а впечатление после аниме оказывается смазанным. С другой стороны, это самый каноничный канон. Если не оглядываться на вот этот пост, конечно: web.archive.org (англ. яз.)

Можно рассматривать 4 серии как законченное произведение, какой бы смятой ни была его концовка, и закрыть глаза на оборванные сюжетные линии. Представить, что открытая концовка служит цели оставить зрителя в ощущении безпроходного кошмара. Бэд энд - никакой морали в конце и никаких выводов никому. Ведь бывает, что и человеческая жизнь обрывается, когда ещё так много не сделано и не сказано. В прямом смысле мы имеем психологический хоррор, который демонстрирует тенденцию скатиться к шаблону "владельцы штук сражаются против других владельцев таких же штук". К счастью, аниме прерывается до этого.

Против поиска аллегорий обычно выступают как раз приверженцы манги, и их можно понять. Судя по комментариям к манге, автор если и делал на что-то намёки, в дальнейшем манга развивается в сторону получения персонажами новых сил, и для разночтений там места не остаётся.
Аллегория на сексуальное насилие местами ложится на сюжет, а местами подводить одно к другому сложно. Даже если представить жизненную ситуацию, которая похожа на события в аниме, это не будет что-то обычное, а скорее исключительный случай, вроде "эксперимента" Кентлера. Учительница Мэгуми здесь предстаёт дилером, инопланетяне - заказчиками, а три девочками - тремя причинами, почему ребёнок может стать жертвой.
Касуми Томинэ - "ребёнок в розовом памперсе", бесконтрольный и отдающий себя всему, с чем встречается.
Юри Отани - жертва невнимательности к ребёнку, доходящей до слепоты; жертва, ломающая себя об доверие старшим, которые твердят, что "обе пирамидки белые" (отсылаю к эксперименту Мухиной) или "да ладно тебе, какая разница, чёрные или белые, ждать осталось недолго".
Куми Кавамура - ребёнок, привыкший "терпеть" вследствие того, что не может ни на кого положиться, а сам служит опорой родным.
Трое мальчишек, уставшие от своих хобби - это те, кто познал близость и тянется к этим ярким впечатлениям снова.
Правда, инцидент с Жёлтым Ножом слегка выбивается из этой версии.

По картинке уже все сказали до меня - она замечательна, анимация очень хорошая, что даже не верится, будто это аниме для ТВ изначально делали.
Эндинг мне понравился, опенинг тоже неплох.
Темп очень быстрый, при этом, если смотреть внимательно, ничего не упустишь даже при первом просмотре. Авторы, похоже не ставили цель напустить тумана и запутать зрителя. Спасибо им за это. При быстром темпе повествование не кажется рваным. Нам показывают сцены скромной длительности, и они часто сменяются, но в них не теряешься благодаря тому, что все они последовательно связаны, как бусины в ожерелье. Неудивительно, что режиссёру позже предложили делать Стального алхимика - он хорош.
Общее ощущение после просмотра - горьковатое и нелёгкое, и кажется, что нужна ещё одна серия. Концовку я немного не понял - Ну и всё ещё интересно, конечно, что за цель была у учителей.