Сразу хочу сказать, что это сериал "не для всех" - поэтому не спешите строить своё мнение на гневных или хвалебных отзывах.

Лично я смотрел сериал именно в момент его выхода.
Нет в нём ничего непонятного ни тогда ни сейчас.
Сейчас любое из имён и названий можно просто посмотреть на Википедии, но ведь вам лень?
Тогда, в 90 годы - можно было просто сходить в библиотеку и полистать литературу.
Да, сериал "перегружен" сложными религиозными отсылками к "свиткам мёртвого моря", политике, экономике, социологии, биологии, механике, психиатрии и т.п. - предполагается, что его смотрит всесторонне образованный человек, а не те, кому интересны только боевые сцены и этти. Аниме, вообще то, не только для детей снимается и Евангелион изначально позиционировался, как "умное и сложное аниме" - это был тогдашний тренд.
Есть в сериале и ляпы, но это всё легко нагуглить.
"Невнятное" окончание сериала - невнятно только для тех, кто все 26 серий пропускал все "нудные" объяснения, имена, терминологию, мимо ушей.
Впрочем, те, кому не повезло столкнуться с неполными, обрезанными цензурой (скажем америка), версиями сериала - были в ещё более худшем положении. К сожалению, на просторах РФ и особо в русской озвучке, ходят несколько вариантов сериала. Ищите полную японскую версию с русской озвучкой (не лицензия!). Она есть.

Рекомендуется к просмотру не потому что "шедевр", а потому что классика. Рекомендуется не всем подряд.

Сложный сериал, со сложной судьбой и сложным автором, личные проблемы которого отражались и на этом сериале и на его более свежих, альтернативных вариациях (их стоит посмотреть, но ... ради дополнительных сцен скорее, потому что автор пошёл на поводу у молодой волны аудитории и выбросил из новых версий всю научную часть, которую народ не понимал в силу отсутствия знаний (или ещё чего) - на что и видим жалобы во множестве отзывов. Остался гольный экшен и какая то невнятная мистика, что не сделало происходящее понятнее для масс. Зря он так поступил).

Отдельно хочется сказать про Синдзи - логика поведения Синдзи многофакторна (автор сделал это основой), в сериале подробно (с самого начала, но кратко и внятно) раскрываются причины, по которым данный ребёнок просто не может вести себя иначе в такой ситуации, опираясь на свой жизненный опыт и порождаемые им эмоции. Плюс к этому не самые обычные для детей требования, образ жизни, постоянный риск и ощущение бессмысленности всего, что ты делаешь и своей собственной жизни в целом. И не забываем, что перед нами подросток в переломном возрасте, когда у большинства детей возрастает эгоцентризм, нервозность.
Конечно же, "необременённый" обыватель, решивший посмотреть под пивко "драчки роботов с девочками" - рискует получить и получает баттхерт с воспламенением и откладыванием шлакоблоков. Это закономерно. Он даже не понимает, насколько похож на Синдзи, когда его критикует. Сам автор обыграл таких критиков в эпизодах с Судзухарой. Так, что, да, уважаемые хейтеры Синдзи - вы в сериале тоже есть и там даже показано, чего вы стоите в итоге. XD