Организация под названием «Агентство Д» создана осенью 1937 года в качестве независимого армейского подразделения по личной инициативе подполковника Юки. По слухам, Юки сам в прошлом был хорошим агентом и добыл у врага немало секретов, пока его не предал союзник. До побега из плена подполковника жестоко пытали, чем объясняется отсутствие левой руки и то, что он ходит с тростью, прихрамывая на левую ногу. Получив прозвище «Властелин тьмы», Юки учит солдат по принципам, которые сильно отличаются от традиционной армейской мудрости. Игнорируя армейские ранги, одежду и поведение, он учит своих подопечных быть незаметными и невидимыми, а также берёт кандидатов издалека, тренируя специалистов нескольким языкам, взлому и мастерству скрытности. Под фальшивыми личинами его агенты выполняют миссии по всей Азии.
Не отдавай, любимый, жизнь свою!
На то ль последним мать тебя носила?
Не отдавай, любимый, жизнь свою!
Нет, не родители твои вложили
Меч в руку сына, чтоб разить людей!
Не для того они тебя растили,
Чтоб дать наказ: погибни, но убей!
Из известнейшего антивоенного стихотворения Ёсано Акико (привет Bungou Stray Dogs) Впрочем позже она (вот уж человеческая природа) приветствовала войну в Маньчжурии и позицию Японии во Второй мировой.
Не часто можно увидеть аниме про шпионов, а в учебниках 2 мировой успехам страны восходящего солнца на поприще невидимого фронта внимания вообще не уделено. И с этой точки зрения это хорошая история.