Все аниме освещает лишь небольшую часть истории, это стоит понимать. (3 тома из 13).

Начало и сеттинг: Основные наши персонажи из 1го сезона.
86: С серьезными моральными травмами не видевшими с детства ничего кроме войны.
Как у любых подростков, есть трудности, помноженные на военное положение и отсутствие нормальной интеграции с нормальное общество.

Лена: взгляд из черного и белого стал более реалистичным. Неизбежное принятие потерь и ответственность за свои действия.

Шин: Если вглядываться внимательно, то станет явно, что он был влюблен в Лену, но сам того не осознает. Это сильно влияет на его мотивацию...жизни и смерти. (и так будет в дальнейшем на протяжении еще N томов...)

Окружающий мир.
Легион сам строит заводы и новые машины, человечество с каждым годом отстает, теряет территории и людей.
Легион сильно прокачивает свой искусственный интеллект.
Положении очень не завидное у всех стран.

Аниме имеет светлый конец, но это как небольшая прелюдия, которая не рассказала не о Гияд, не о Республике в полном объеме, а там очень и очень много всего намешано.