Главные героини постоянно срутся между собой, сила дружбы и магия не спасают от смерти и отчаяния, а скорее наоборот усугубляют проблемы. Главная героиня не становится волшебницей до самой последней серии, хоть аниме и называется Девочка-волшебница Мадока. Противники, которые поначалу кажутся безликими, оказываются отчаявшимися девочками волшебницами, а магическое существо оказывается не милой помощницей, а безэмоциональным пришельцем, логика которого выше нашего понимания, а люди для них скот, который нужен для восстановления энергетического баланса, нарушенного энтропией. Магия в Мадоке это нихрена не дар свыше, который должен служить для спасения вселенной, это проклятие, которое делает волшебницу зомби с мертвым телом, душа которой заключена в маленьком медальоне, а предназначение волшебницы - стать ведьмой. Желание, загаданное девочкой, чтобы стать волшебницей, вызывает парадокс, поэтому должно стоить волшебнице чего-то больше, чем её жизнь. И чтобы решить эту проблему, Мадоке приходится не просто победить злое существо, ей приходится отменить само мироустройство, пожертвовав своим физическим воплощением во всех временных измерениях. Точно так же желание Хомуры спасти Мадоку, отматывая время бесчисленное количество раз, делает Мадоку фактически самым сильным существом во Вселенной, так как на Мадоке теперь завязаны все временные линии, созданные Хомурой, и это приводит к становлению Мадоки ведьмой, и всё это из-за желания Хомуры как раз её спасти.

Хомура, которая кажется поначалу чуть ли не злодейкой, скрытой, недоступной и ненавидящей весь мир, оказывается поначалу стеснительной слабовольной девочкой, которая ради подруги полностью меняется и становится хладнокровной машиной убийств. Саяка, которая кажется поначалу идеальным примером сильного и безгранично доброго персонажа, с которого все должны брать пример, от своей же доброты страдает и в итоге сходит с ума, становясь ведьмой. Кёко, которая вначале предстаёт эгоистичной шкурой, которая борется с ведьмами ради своей выгоды, на самом деле стала такой не без причины, а её добрая воля заставить прислушаться людей к проповедям своего безгранично доброго отца, привела к тому, что её отец умер. Кёко видит в Саяке те же ошибки, что делала она в прошлом, поэтому сопереживает ей, а после становления Саяки ведьмой, жертвует собой, чтобы убить её и спасти Мадоку и Хомуру. Мадока, которая кажется в середине неуверенной в себе ноющей маленькой девочкой, приносит огромную жертву для спасения Вселенной.