Я вижу, что ты просто не понял сюжет, а ведь он там преподносится на блюдечке, эх(
Если кратко, то бог кто создал прокси - это люди которые покинули непригодную для жизни планету и создали они их для того, что бы те создали уже искусственных людей (которые не могут размножаться сами) и купольные города.
У всех прокси есть 1 изъян - они умирают от солнечного света. То есть когда планета очиститься все прокси умрут, а вирус который тоже люди оставили захватит "ума" машин и перебьет все население купольных городов. Таким образом настоящие люди вернувшись из космоса прилетят на подготовленную планету. Прокси это просекли, обиделись на своих создателей, уничтожили почти все купольные города ну и так далее, там же все рассказывается. В конце последней серии эти "боги" же и прилетают =))

Интересная трактовка, но ничего не объясняющая. 1. Для чего БогоЛюдям нужны купола, Прокси и "искусственные люди", ну и роботы? Смысла в них нет никакого, очистка планеты без них что ли невозможна? Но это значит плодить новые сущности, нигде не показано, что искусственные люди как-то помогают планете очиститься. Способ ликвидации куполов с помощью вируса? Зачем такая сложность-то? Тем более не все все "машины" становятся агрессивными заразившись и нет гарантии, что они всех перебьют. 2. Ну и зачем тогда боги-люди прилетели в конце, когда планета ещё не до конца очистилась? Надоело в космосе без дела болтаться?

Я сам уверен, что многого не знаю как и что задумывали авторы. Купола нужны людям, что бы те потребляли и перерабатывали всякое, как неоднократно говориться в первых сериях, где сюжеты в торговых центрах "потребляйте и тратьте", что бы как можно больше ресурсов перерабатывалось и выбрасывалось за купола, на те огромные свалки. Это как то должно помочь миру восстановиться, но это уже не ко мне.
Насчет концовки, мир хоть полностью и не восстановился, но уже был близок к этому, облака начали немного рассасываться, а солнечный свет пробиваться на землю + Манада погибла от солнечного света, возможно это послужило неким сигналом.