Я сам уверен, что многого не знаю как и что задумывали авторы. Купола нужны людям, что бы те потребляли и перерабатывали всякое, как неоднократно говориться в первых сериях, где сюжеты в торговых центрах "потребляйте и тратьте", что бы как можно больше ресурсов перерабатывалось и выбрасывалось за купола, на те огромные свалки. Это как то должно помочь миру восстановиться, но это уже не ко мне.
Насчет концовки, мир хоть полностью и не восстановился, но уже был близок к этому, облака начали немного рассасываться, а солнечный свет пробиваться на землю + Манада погибла от солнечного света, возможно это послужило неким сигналом.