@kkaNEGY, глобально разницы нет, просто автор рукожоп и не может рассказать одну большую историю, поэтому ему нужно три истории поменьше для того, чтобы донести свою мысль. А так суть в том, что в разных рутах разные персонажи поступают по разному, вот и вся разница.
Возьмем персонажа Кастер. В первом руте она занимается какими-то своими делами и находится за кадром, и появляется только в конце, где ее внезапно убивают. Во втором руте она активничает с самого начале и является главным противником на протяжении половины сюжета. В третьем руте наши персонажи находят ее в самом начале и убивают. Короче это паралелльные вселенные в самом простом виде, вот в этой вселенной ты сегодня пошел на работу и тебя сбила машина, а в другой остался дома и выйграл в лотерею. Обычная тема короче.