Мадока, как и положено тупорылому и наивному ребенку, подыхает самым жестоким способом еще в начале сюжета. Хомура решает откатить время и спасти ее, но каждый раз терпит неудачи и Мадока подыхает все более жестокими способами. Спустя кучу циклов Хомура сходит с ума, она уже взрослая женщина, которая понимает, что ничего не может сделать и потратила свою молодость зря. Тогда она решает путешествовать по мультивселенной и убить каждую версию Мадоки, руководствуясь идеей "нет Мадоки - нет проблем". Таким образом она поподает в нашу временную линию и пытается убить Мадоку. Сначала она жестоко убивает ее родителей и подруг, из-за чего Мадока падает в самые глубины отчаяния. Начинается битва, в которой Мадока умирает, а Хомура наконец достигла своих целей. Но оказывается, что все это было планом Коти. Хомура окончательно превращается в ведьму и ее убивают новые волшебницы.

В конце оказывается ПОЛТТВИСТ и никаких волшебниц и магии не сущкствует, просто девушки страдают наркотической зависимостью и лечятся в больнице, представляя себя волшебными девочками. Котя - обычный кот, а откружающие их персонажи - это просто другие пациенты и медперсонал. На самом деле Хомура с подругами все это время убивали население больницы и, в конце концов, после убийства своих подруг, Хомура осталась в больнице одна с котей, где ее застрелили полицейские.

Конец

Сцена после титров: намек на то, что магия и волшебницы существуют и котя просто всех переиграл